Nació el 24 de octubre de 1860, en Tlaxiaco, Oaxaca. Provenía de familia humilde. Tras sus primeros estudios, Rafael ingresó al Seminario Conciliar de Santa Cruz en Oaxaca, la vocación religiosa no era lo suyo por lo cual al tiempo abandonó el seminario para luego matricularse en el Instituto de Ciencias y Artes.
Según sus biógrafos, Reyes Spíndola, también se graduó como abogado y desempeñó algunos puestos judiciales en Oaxaca. Después en Morelia, Michoacán, tuvo el cargo de secretario particular del gobernador del Estado. Al parecer escribió un libro de texto sobre la geografía de Oaxaca.
Rafael Reyes Spíndola, fundó en la Ciudad de México, el diario El Universal, el cual empezó a circular el 1 de julio de 1885. Después tuvo que vender este diario a Ramón Prida, quien lo convierte en el órgano oficial del Partido Científico. Ramón Prida condicionó a Rafael de que no publicara otro diario en la Ciudad de México, así que fue en la ciudad de Puebla donde Reyes Spíndola edita la revista El Mundo Ilustrado. Esta revista publicó por ejemplo, “La Historia de un peso”. El reportaje describía las labores de la Casa de Moneda, mostrando el interesante proceso de tan preciado objeto.
Posteriormente, Spíndola editó El Imparcial, junto con el español Delfín Sánchez Ramos y el empresario estadounidense Tomás Braniff. Este diario empezó a circular el 12 de septiembre de 1896 contando con el apoyo del presidente Porfirio Díaz.
Al periódico El Imparcial, se le atribuyó el paso que dio inicio a la etapa del periodismo industrial, ya que para su impresión se emplearon maquinas rotativas de gran tiraje, Rafael importó el primer linotipo que hubo en México.
El diario ofreció espacios publicitarios, lo que le permitió la reducción en costos de producción. El Imparcial fue la primera publicación que dio a los diarios de mayores precios motivos de preocupación, pues sería difícil competir con él. Los otros periódicos sufrieron a causa del bajo costo de El Imparcial (que fue posible gracias a los métodos industriales y a la subvención del gobierno, y sus excelentes servicios informativos). Incluso los periódicos El Siglo XIX y el Monitor Republicano, se vieron obligados a cerrar.
El costo de El Imparcial era de un centavo (Aunque no fue el primer periódico que se vendió en un centavo el primero fue el tabloide El Noticioso) El éxito de El Imparcial fue tal y con tan numerosos lectores que en 1905 llegó a poner en circulación más de 75,000 ejemplares diariamente; hay quien dice que llegó a exceder los 90,000 ejemplares.
Reyes Spíndola fue el primero de los directores del diario, le siguió Carlos Díaz Dufoo, Manuel Flores, Fausto Moguer y Salvador Díaz Mirón.
El Imparcial fue el punto de transición entre el periodismo del siglo antepasado y el periodismo actual.
El Imparcial continuó hasta 1914, año en que las fuerzas constitucionalistas se apoderaron de las instalaciones del periódico y estos cambiaron el nombre del periódico por El Liberal, utilizándolo para sus fines.
El 13 de enero de 1922, fue el día en que murió quien ha sido considerado el padre del periodismo moderno, Rafael Reyes Spíndola, dejando un importante legado en el mundo de la prensa escrita y dando el ejemplo de que una persona con su gran valía y constante esfuerzo puede dejar escrito su nombre en la historia de su país.